Descubrir y aprender todo lo que hay que saber sobre los paquetes de R utilizando r-universe

Encontrar la herramienta adecuada para el trabajo

Lo más difícil de usar R con eficacia es encontrar los mejores paquetes para el problema que intentas resolver. Creo que esto es incluso, más importante que dominar el lenguaje en sí. Cosa que irás adquiriendo a medida que empieces a utilizar R con más frecuencia. Sin embargo, construir tu código sobre bases fiables es esencial para obtener buenos resultados, y difícil de arreglar más adelante en un proyecto.

Hay unos 20.000 paquetes en CRAN, y más en otras redes como BioConductor y GitHub. Todos los días se publican nuevos paquetes. Las personas que desarrollan son una mezcla de voluntarios y voluntarias, desde ingenieros de software profesionales hasta estudiantes y aficionadas. La calidad y el alcance de los paquetes varían enormemente, lo que puede hacer difícil juzgar qué herramientas son la mejor opción para una tarea determinada.

El objetivo último de r-universe es ayudarte a navegar eficazmente por el ecosistema de R para descubrir lo que hay disponible, hacerte una idea de la finalidad y la calidad de cada paquete, del equipo que los desarrolla y empezar a utilizar estos paquetes inmediatamente y sin complicaciones.

Tres niveles de navegación en r-universe

Podemos distinguir tres niveles de navegación en r-universe cuando vayas a buscar paquetes de R:

1. Buscar en el ecosistema global: encontrar paquetes, por tema, palabra clave, clasificación, etc.
2. Busca por la persona/organización que lo mantiene: explora todo el trabajo de un grupo o de un investigador o investigadora particular.
3. Busca por el paquete individual: obtén información detallada sobre todo lo que hay que saber sobre un proyecto e instrucciones para empezar a utilizarlo.

Si recien empiezas con R o estás explorando paquetes para una determinada tarea, puedes empezar buscando todo lo que hay utilizando el motor de búsqueda r-universe. Una vez que te familiarices con el ecosistema, puede que te interese acercarte a un conjunto específico de paquetes de una determinada persona u organización y con el tiempo aprender más sobre los detalles de paquetes concretos.

Nivel 1: buscar en todo el ecosistema R

La página de inicio en https://r-universe.dev te lleva directamente al motor de búsqueda global. Aquí puedes realizar una búsqueda de texto libre de una palabra clave, que se coteja con nombres de paquetes, descripciones, temas y títulos de páginas de manuales, viñetas, etc. Los resultados se ordenan mediante una combinación de una puntuación de coincidencia (con qué frecuencia y dónde aparece el término buscado), y una clasificación de calidad¹.

La parte derecha del cuadro de búsqueda contiene un botón de expansión que revela los filtros de la búsqueda avanzada. Aquí puedes introducir criterios de búsqueda más detallados, para que coincidan específicamente con campos concretos. Por ejemplo, puedes buscar paquetes de un autor determinado, o que tengan una función o dependencia específica.

La página de búsqueda también muestra una lista aleatoria de organizaciones que publican paquetes de R (ordenados por actividad reciente), que es una forma divertida de descubrir lo que se está desarrollando actualmente en el ecosistema de R.

Nivel 2: explorar el trabajo de una organización o una persona

Cada persona y organización presente en r-universe tiene un subdominio único bajo r-universe.dev con un repositorio personal de paquetes tipo CRAN desde el que se pueden instalar directamente los paquetes. Por ejemplo, los paquetes y la información de rOpenSci pueden encontrarse en https://ropensci.r-universe.dev y los paquetes que yo mantengo están listados en https://jeroen.r-universe.dev (observa cómo se solapan estos dos conjuntos).

Las pestañas superiores te permiten explorar diferentes recursos dentro del universo. La página builds (compilaciones) muestra el estado actual del repositorio: una tabla con el nombre y la versión de cada paquete, incluyendo la fecha de confirmación, el/la autor/a y el estado de compilación. Hacer clic en el nombre del paquete en la tabla te envía a la página principal de ese paquete (daré más detalles más adelante), y el nombre de la persona que mantiene el paquete enlaza con el subdominio de esa persona, que enumera otros proyectos mantenidos por esta persona.

La página packages (paquetes) muestra información descriptiva de todos los paquetes del repositorio, y la pestaña articles (artículos) muestra todos los documentos (por ejemplo, viñetas). La página contributors (colaboradores) muestra un gráfico con las estadísticas de quienes colaboran con la organización o con esa persona. Hacer clic en una barra del gráfico te envía a este otro universo donde puedes explorar más trabajos de esta persona.

El mismo subdominio aloja el repositorio real de paquetes tipo CRAN para este usuario/a u organización. Por tanto, para listar o instalar paquetes de rOpenSci en R, utilizarías:

# Lista los paquetes disponibles
available.packages(repos = "https://ropensci.r-universe.dev")
# Instala un paquete
install.packages("magick", repos = "https://ropensci.r-universe.dev")

Nivel 3: información individual de los paquetes

Finalmente llegamos al nivel de paquete individual. Hacer clic en un paquete en los resultados de la búsqueda o en una visión general del universo te llevará a la página de inicio de ese paquete. También puedes enlazar directamente con esta página a través de la url https://{owner}.r-universe.dev/{package} por ejemplo https://r-spatial.r-universe.dev/sf abajo.

Estas páginas de paquetes se generan automáticamente y proporcionan información detallada sobre cada proyecto, así como toda la información y recursos para instalar y probar rápidamente el paquete localmente en R.

Información del paquete

La sección inicial de la página de inicio muestra datos descriptivos y enlaces a recursos de este paquete, como los archivos fuente/binarios, el manual del paquete y el archivo NEWS. Más abajo mostramos las instrucciones de instalación para instalar el paquete en R. La instalación es rápida y sencilla porque proporcionamos binarios precompilados para Windows y MacOS, por lo que no se necesitan herramientas ni configuraciones especiales en la máquina del usuario.

Aquí también puedes encontrar más información derivada por el sistema de construcción, como sobre qué bibliotecas del sistema construye el paquete, temas y si el paquete está en CRAN. Las etiquetas debajo muestran estadísticas sobre el paquete, como dependencias, dependencias inversas y estrellas de GitHub. Haciendo clic en la etiqueta “exports” se muestran todas las funciones y conjuntos de datos exportados por el paquete, que enlazan con las secciones respectivas de la página del manual. Si se especifica, también mostramos cómo debe citarse el paquete en los artículos.

Toda la documentación

Para que puedas empezar a utilizar los paquetes lo antes posible, r-universe ofrece toda la documentación disponible y la presenta de la forma más clara y concisa posible en la página de inicio.

La mayoría de los paquetes de R tienen 3 formas de documentación: un archivo léeme (README), un manual de referencia (páginas de ayuda) y una serie de artículos (viñetas). Estos artículos suelen ser un buen punto de partida, y aparecen en la página principal del paquete, justo debajo de los descriptivos. Desde aquí puedes ver tanto el documento html/pdf renderizado, como el archivo fuente rmarkdown utilizado para (re)producir el artículo.

Más abajo puedes ver el contenido del “README” del paquete. Hoy en día, la mayoría de los paquetes incluyen un archivo README.md que se puede convertir en HTML.

Después del README sigue una sección llamada “manual de referencia” que contiene una tabla con todas las páginas de ayuda. Éstas enlazan con los respectivos capítulos del manual de referencia html², que proporciona la documentación más extensa de cada función del paquete, incluyendo descripciones, parámetros, ejemplos, etc.

Actividad de uso y desarrollo

Además de familiarizarte con lo que hace el paquete, puede que te interese saber quién está trabajando en él, quién más lo utiliza y si sigue desarrollándose activamente.

La sección ““development and contributors” (desarrollo y colaboraciones) muestra un gráfico de barras con el número de commits por semana durante el último año, y quiénes son los y las principales colaboradores y colaboradoras. Por último, la sección “usage by other packages” (uso por otros paquetes) muestra otros paquetes de r-universo que dependen de este paquete, agrupados por propietario/a. Esto te da una idea de lo activo que es el proyecto y de quién está participando.

Conclusión

Este post ha explicado diferentes formas en las que puedes utilizar r-universe para explorar los paquetes de R. La página motor de búsqueda te permite encontrar paquetes de cualquier parte del ecosistema que coincidan con determinadas palabras clave o criterios específicos. Es un buen lugar para informarse y hacerse una idea de lo que hay disponible en un dominio determinado.

Una vez que te familiarices con el ecosistema, puede que te interese hacer zoom en un conjunto específico de paquetes de un determinado grupo o investigador/a. La estructura de dominios de r-universe te permite explorar paquetes y artículos por organización, y descubrir trabajos relacionados con las personas que los mantienen, colaboran o los usan.

Por último, para cada paquete R, r-universe proporciona una hermosa página de inicio que contiene abundante información en: https://{owner}.r-universe.dev/{package}. Esta página muestra exactamente de qué trata un paquete, quién lo está desarrollando, el estado del proyecto, y también proporciona toda la documentación y las instrucciones de instalación, muy bien representadas, para empezar a utilizar el paquete inmediatamente, sin complicaciones.

1. Más información sobre esta clasificación: ¿cómo se calcula la puntuación de la clasificación por paquetes? ↩︎

2. Entrada en el blog: postdoc 1.0: manuales de paquetes HTML mínimos y claros. ↩︎