heatmaps with p-values (2)… coloured according to odds ratio

Posted on May 7, 2013 by mareviv in R bloggers | 0 Comments

[This article was first published on Tales of R » R, and kindly contributed to R-bloggers]. (You can report issue about the content on this page here)
Want to share your content on R-bloggers? click here if you have a blog, or here if you don't.

I like heatplots with p-values -or frequencies, or whatever-. Not very conclusive, but pretty anyway. And when talking about graphs, pretty will make our neurons to fire in more interesting ways: neurons like “pretty” graphs. Moreover, observing your data can be as important as analysing it. It’s better to observe, to listen your patients than making tests without knowing very much about them…

In the heatmaps of the previous post, not a lot of information can be included. Maybe could be useful to write in the tiles the actual p-values, the residuals, or the odds ratios (OR) of the significant crossings (take a look at this solution with ggplot2)…

But one little tweak can be done to make a more informative plot: different color scales for crossed factors with OR less than 1 (cold), and other scale for ORs more than 1 (hot).

To start, we’ll use the same pevious database:

library(plyr)
library(ggplot2)
library(scales)
library(reshape)

 

gender <- c(
"1", "2", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "2", "1", "1", "1", "2", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "2", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"2", "2", "1", "2", "1", "2", "2", "1", "1", "1", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "2", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "2", "1", "1", "2", "2", "2", "1", "2", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "1", "1", "1", "1", "2", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "2", "1", "2",
"1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "2", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "2", "2", "1", "2", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "2", "1", "1", "1", "2", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "2", "2", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "2", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "2", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "2",
"2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "2", "1", "1", "1", "2", "1", "2", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "2", "1", "2", "2", "1", "1",
"1", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "2", "2", "1", "1", "2", "2", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "2", "2",
"1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "2", "1", "1", "2", "1", "2", "2", "1", "2", "2", "1", "2", "2", "2", "1", "2", "1", "2", "2", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "2", "2", "1", "1", "2", "2", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "1", "2", "1", "1", "2")

var2 <- c(
"0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "0",
"0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"1", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0",
"0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "1", "0",
"1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0",
"1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0")

var3 <- c(
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0",
"1", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0",
"0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0",
"1", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0",
"1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0")

var4 <- c(
"0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1",
"1", "0", "1", "0", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0",
"0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "1",
"1", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1",
"0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "1",
"1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "0", "1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "1",
"1", "1", "0", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "1",
"1", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "0")

var5 <- c(
"0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0",
"1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0",
"1", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1",
"0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "1",
"0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0",
"0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "1", "0", "1",
"1", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0")

var6 <- c(
"1", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "0")

corfac <- data.frame(gender,var2,var3,var4,var5,var6)
summary(corfac)
head(corfac) # see the first rows of the data matrix
class(corfac)

Then, we will make the same “square” template:

combos <- expand.grid(rep(list(1:ncol(corfac)), 2 )) # combinations with repetitions
combos <- as.matrix(combos)
combos <- t(combos) # transpose matrix

Now, the code to fill the template will change, to include a column named OR:

mat1 <- adply(combos, 2, function(x) {
test <- chisq.test(corfac[, x[1]], corfac[, x[2]])
.Table <- xtabs(~ corfac[, x[1]] + corfac[, x[2]], data=corfac)
Odds.r <- (.Table[1]/.Table[3])/(.Table[2]/.Table[4])
out <- data.frame("Row" = colnames(corfac)[x[1]]
, "Column" = colnames(corfac[x[2]])
, "Chi.Square" = round(test$statistic,8)
, "df" = test$parameter
, "p.value" = round(test$p.value, 3)
, "OR" = Odds.r
)
return(out)
})
head(mat1)

We have a matrix with all the crossings. We have also information about the OR value for each association. How can we translate this to colors?. Because in the final matrix only p-values will be allowed, I thought of signs in p-values to be the markers. The crossings with ORs < 1, would have p-values with a minus sign.

I have not been able to complete this steps in a better way. Maybe my code should be improved, but it works:

First of all, we create a “dummy factor” (mat1$or.sign) with strings corresponding to the future signs in the p-values. At the same time, we’ll be able to get rid of all the NAs that surely appeared in the matrix, in the OR column (not in this case, fortunately).

mat1$or.sign[mat1$OR < 1] <- "neg"
mat1$or.sign[mat1$OR >= 1] <- "pos"
mat1$or.sign[is.na(mat1$or.sign)] <- "pos" # solves problem of OR = NA
summary(mat1)
head(mat1)

Second, all p-values = 0 are a problem here (no signs can be added). We will transform zeroes to very little numbers, like:

mat1$p.value[mat1$p.value==0] <- 0.00001

We will create a column that contains all the p-values, but with negative sign:

mat1$p.value.neg <- mat1$p.value - 2*mat1$p.value

After that, we can create the “definitive” p-value column, where the sign corresponds to the value in “mat1$or.sign”. If you get any errors, you can pass the same commands again…

mat1$p.value.sign[which(mat1$or.sign=="pos")] <- mat1$p.value[which(mat1$or.sign=="pos")]
mat1$p.value.sign[which(mat1$or.sign=="neg")] <- mat1$p.value.neg[which(mat1$or.sign=="neg")]

Now the data is almost ready!

Just a ggplot2 example…

library(scales)

q <- ggplot(mat1, aes(Row, Column, fill = p.value.sign)) +
geom_tile(colour="gray80") +
theme_bw(10) +
xlab("Factors") + ylab("Factors") +
scale_fill_gradient2(low = muted("darkblue"), mid = "white", high = muted("red"),
midpoint = 0, space = "Lab", na.value = "grey10", guide = "colourbar", limits=c(-0.049, 0.049))
q + theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1))

heatmap_ggplot_posneg

And below is my favourite representation because of the clustering and the great result/readability with simple colors (I don’t find easy to distinguish very small changes in tone/hue, or I need another screen).

First, we have to reshape the data:

matz <- mat1[,c(2,3,10)]
head(matz)
mat2df <- cast(matz, Row~Column)
mat2 <- as.matrix(mat2df)
head(mat2)

And then:

library(gplots)

myCol <- c("gray15", "gray25", "blue", "green", "yellow", "orange", "gray25", "gray15")
# Defining breaks for the color scale
myBreaks <- c(-1, -0.06, -0.05, -0.001, 0, 0.001, 0.05, 0.06, 1)
# pdf("result_heatmap.pdf", width = 30, height = 30)

hm <- heatmap.2(mat2, scale="none", Rowv=T, Colv=T,
col = myCol, ## using your colors
breaks = myBreaks, ## using your breaks
#                 dendrogram = "none",  ## to suppress warnings
margins=c(8,8), cexRow=0.8, cexCol=0.8, key=FALSE, keysize=1.5,
trace="none")
legend("topleft", fill = myCol, cex=0.6,
legend = c(">0.6", "0.6 to 0.05", "0.049 to 0.001 (OR <1)", "0.001 to 0 (OR <1)", "0 to 0.001 (OR >1)", "0.001 to 0.049 (OR >1)", "0.05 to 0.6", ">0.6"))

heatmap_gplots_posneg


To leave a comment for the author, please follow the link and comment on their blog: Tales of R » R.
R-bloggers.com offers daily e-mail updates about R news and tutorials about learning R and many other topics. Click here if you're looking to post or find an R/data-science job.
Want to share your content on R-bloggers? click here if you have a blog, or here if you don't.

Copyright © 2022 | MH Corporate basic by MH Themes

Never miss an update!
Subscribe to R-bloggers to receive
e-mails with the latest R posts.
(You will not see this message again.)

Click here to close (This popup will not appear again)